Nach der Besetzung des Baltikums im Sommer 1941 wurden bald auch hier nationalsozialistische Terrorstrukturen aufgebaut. Die baltischen Länder Estland, Lettland und Litauen, die gemäß dem Hitler-Stalin-Pakt ab Mitte 1940 der Sowjetunion angegliedert worden waren, wurden unter deutscher Besatzung im sog. Reichskommissariat "Ostland" zusammengefasst. Noch bevor KZ's etabliert wurden, hatten sich alle jüdischen Einwohner innerhalb weniger Wochen nach der Besetzung in zugewiesenen Ghettoterritorien der Großstädte einzufinden. Bekannt sind v.a. die Judenghettos von Wilna (Vilnius), Kauen (Kaunas) und Riga.

Noch 1941 wurden zehntausende Juden des Baltikums ermordet. Ebenso wie tausende deutsche und österreichische Juden aus Großstädten des Deutschen Reiches, die mit Eisenbahntransporten v.a. nach Kaunas und Riga gebracht, sofort erschossen oder in die Ghettos gebracht wurden. Die größten Massenerschießungen fanden im Fort Nr. IX. in Kaunas (ehem. Teil des Festungssystems der Zarenzeit) und in den Wäldern Rumbula und Bikernieki bei Riga statt. Im Baltikum fanden damals die ersten Massenerschießungen von deutschen Juden überhaupt statt.

Die Ghettos wurden bis Ende 1943 aufgelöst und die Menschen, die bis dahin der nationalsozialistischen Massentötungsmaschinerie entkommen waren, wurden nun in die erweiterten Konzentrationslager eingewiesen, um in dem System durch Arbeit ausgebeutet zu werden. In Kaunas wurde im Herbst 1943 aus dem Ghetto das Konzentrationslager Kauen mit 8 Außenlagern gebildet.

In Riga mußten Häftlinge bereits 1941 das sog. "Polizeigefängnis und Arbeitsumerziehungslager"Salaspils aufbauen. Auf ca. 30 ha waren hier 1943 etwa 2.000 politische Gefangene, Mitglieder der nationalen Widerstandbewegung, Juden, Roma, Deserteure und andere Feinde des Regimes eingesperrt, die hier und in den Nebenlagern Zwangsarbeit verrichten mussten. Genaue Opferzahlen sind heute sehr widersprüchlich, neueste Forschungen widersprechen sowjetischen Angaben.

Die Sowjetmacht mystifizierte das "Todeslager Salaspils", wo über Einhunderttausend Menschen umgekommen sein sollen. 1967 wurde anstelle der ehem. Lagerbaracken von der Sowjetmacht die Gedenkstätte für die Opfer des Konzentrationslagers Salaspils eingeweiht. Sie galt als zentrale Stätte der Erinnerung an die Opfer des Faschismus.

Viele jüdische Überlebende des Holocaust, die nahezu ihre ganze Familie verloren hatten, empfanden es allerdings als beschämend alljährlich zu den Gedenktagen der blutigen Räumungen des Rigaer Ghettos im November und Dezember 1941 die Gedenkstätte Salaspils aufzusuchen, während sie in den Wäldern der Massenerschießungen in Rumbula und Bikernieki nicht einmal Gedenksteine für die jüdischen Opfer errichten durften.

Hier führten stattdessen die Sowjetbürger ihre Hunde aus und ließen Autorennen stattfinden, ohne daß irgendetwas an die Massengräber an dieser Stelle gemahnte. An genannten Orten sind inzwischen auch mit deutscher Unterstützung würdige Gedenkstätten entstanden, die auch an die tausenden deutschen Juden erinnern, die hierher verschleppt und ermordet wurden.

Salaspils galt als Durchgangslager, ähnlich wie das größte Konzentrationslager Lettlands "Riga-Kaiserwald" mit mehr als zehn Nebenlagern, in denen viele Gefangene an den Folgen von Unterernäherung, Hunger und Arbeit starben. U.a. hatten sie für die AEG elektrische Geräte herzustellen. Die Insassen des Lagers "Riga-Kaiserwald" wurden im August 1944 in Todesmärschen und auf Schiffen über die Ostsee in das Konzentrationslager Stutthof verschleppt.

Auch in Estland gab es Konzentrationslager. Das Lager in Viavara wurde von September 1943 bis Oktober 1944 mit 10 Außenlagern betrieben. Das Lager Klooga von September 1943 bis September 1944 mit drei Außenlagern.