Das Schiff MS Estonia wurde 1980 von der deutschen Werft Jos. L. Meyer in Papenburg gebaut. Es fuhr zunächst für die finnische Reederei Viking Line, später auch für die Silja Line und die Wasa Line. Im Oktober 1992 wurde das Schiff an die Nordström & Thulin AB und die Estonian Shipping Co. verkauft und fuhr damit unter schwedischer und estnischer Flagge auf der Strecke Stockholm-Tallinn. Das Schiff wurde "Estonia" getauft und war die größte und modernste Fähre des wiedergeborenen kleinen Estland.

Am 28.09.1994 sank die Ostseefähre Estonia in einer Sturmnacht auf der Fahrt von Tallinn nach Stockholm in finnischen Gewässern - was ein sehr schweres Unglück vor allem für Estland und Schweden darstellte. Nach offiziellen Angaben starben 852 Menschen, vermutet werden aber mehr als 1000 Opfer. Damit ist der Untergang der MS Estonia das schwerste Unglück auf See nach dem Zweiten Weltkrieg.

Die meisten Besatzungsmitglieder waren Esten, die meisten Passagiere Schweden, aber auch Menschen aus Deutschland, Finnland, Norwegen, England, Russland, den baltischen Staaten, Weißrussland, der Ukraine, Marokko, Kanada und sogar Nigeria. Es gibt keine genaue Liste mit Anzahl und Herkunftsländern, da damals keine genauen Passagierlisten angefertigt wurden.

Aufgrund der Aussagen von Überlebenden wurde die Unglücksnacht unzählige Male rekonstruiert. Am 27.09.1994 legte die MS Estonia in Tallinn mit Verspätung ab und sollte am folgenden Tag gegen 9:30 Uhr Stockholm erreichen. Die See war in dieser Nacht stürmisch. Aus bis heute ungeklärter Ursache lief nachts Wasser auf das Fahrzeugdeck. Es gibt Vermutungen, daß das Wasser durch ein unterhalb der Wasseroberfläche liegendes Leck eindrang oder durch die Bugrampe. Dadurch bekam die MS Estonia Schlagseite und ging innerhalb einer halben Stunde unter. Gegen 1:22 Uhr erhielt eine finnische Fähre, die nicht weit entfernt war, einen Notruf von der Estonia. Nach der Beantwortung riss der Funkkontakt ab und kurz darauf konnten die Finnen das Schiff auch nicht mehr auf ihrem Radarschirm sehen. Zwar befanden sich viele Schiffe in der Nähe der untergehenden Estonia und konnten schnell an der Unglücksstelle sein. Die Rettungsmaßnahmen wurden allerdings durch stürmischen Wind und die aufgewühlte See behindert.

Insgesamt konnten nur 137 Überlebende geborgen werden. Viele ertranken im Innern des Schiffes, weil sie keine Zeit zur Flucht mehr hatten oder erfroren im eiskalten Wasser.

In kürzester Zeit nach dem Untergang der Estonia setzten Schweden, Estland und Finnland eine Untersuchungskommission ein. Bis 1997 dauerten die ersten Untersuchungen für die Ursachenfindung des Unglücks, deren Ergebnisse in einem Bericht veröffentlicht wurden. Aber auch die Meyer-Werft nahm unabhängige Untersuchungen vor, um Konstruktionsfehler auszuräumen. Immer wieder gab es Kritik an der Untersuchungskommission, nicht nur weil Beweismittel geheim gehalten wurden, wie U-Boot-Aufnahmen der Wrackteile.

Ende 2004 erzählte ein schwedischer Zollbeamter den Medien, daß russische militärische Elektronik und Waffenteile auf der Estonia transportiert worden wären. Da außerdem bekannt wurde, daß kurz vor dem Auslaufen der Estonia noch weitere nicht registrierte Waren an Bord gekommen sein sollen, wurden die Untersuchungen 2005 wieder aufgenommen.

Der Untergang der Estonia war speziell für Schweden, wegen der großen Anzahl an schwedischen Passagieren, und für Estland ein Schock. War doch die MS Estonia ein Vorzeigeschiff und ein Großteil der Schiffsbesatzung estnischer Herkunft. In Tallinn wie in vielen anderen estnischen Hafenstädten wurden kurz nach dem Unglück Denkmäler für die Opfer der Seekatastrophe errichtet.